Optimasi Suhu Annealing untuk Amplifikasi Dna Padi Hasil Persilangan Varietas Tahan Terendam dengan Metode Polymerase Chain Reaction

Septi Lora Aulia, Rujito Agus Suwignyo, Mery Hasmeda

Abstract


Penelitian ini bertujuan untuk mengoptimasi suhu annealing untuk amplifikasi dna padi hasil persilangan varietas tahan terendam dengan metode polymerase chain reaction. Penelitian dilaksanakan pada bulan Februari-Mei 2021  di Laboratorium Fisiologi Tumbuhan Program Studi Agronomi, Fakultas Pertanian, Universitas Sriwijaya Indralaya. Data   yang   diperoleh  dalam penelitian ini adalah data deskriptif dengan cara mengidentifikasi ada atau  tidak adanya band yang teramplifikasi dari hasil elektroforesis. Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa Semua primer dapat mengamplifikasi  semua  pita  DNA  dengan kualitas baik. Ada pengaruh suhu annealing pada program PCR terhadap keberhasilan amplifikasi DNA padi. Suhu annealing  yang optimal untuk 15 primer SSR pada amplifikasi DNA padi yaitu  Rm 8300 : 55 °C, Rm Sub1c173 : 55 °C, Rm 234 : 54.8 °C, Rm 3459 : 56,8°C, Rm 219: 59,5 °C, Rm 589 : 54,8 °C, Rm 258 : 56,8 °C, Rm 3701 : 55,2°C, Rm 1261: 55,2 °C, Rm 164 : 55,2 °C, Rm 443: 54,4 °C,  Rm 266 : 57,8 °C, Rm 248 : 53,5 °C, Rm 282 : 55,7 °C, Rm 241:°C: 53,9 °C.


Keywords


Annealing, Amplifikasi, Padi, PCR

Full Text:

PDF

References


Asy’ari M, Noer AS. (2005). Optimasi konsentrasi MgCl2 dan suhu annealing pada proses amplifikasi multifragmens mtDNA dengan metode PCR. JKSA VIII(1):24-28.

Dirgasari, K. D. E., M. Hasmeda., dan U. Harun. (2019). Pengujian Berbagai Varietas Padi (Oryza Sativa L.) terhadap Kondisi Cekaman Fe2+ di Lahan Pasang Surut. Agrosainstek: Jurnal Ilmu dan Teknologi Pertanian 3(1): 30–35.

Djafar, Z.R. (2013). Kegiatan agronomis untuk meningkatkan potensilahan lebak menjadi sumber pangan. Jurnal Lahan Suboptimal 2(1): 58–67

Haryono. (2012). Lahan Rawa Lumbung Pangan Masa Depan Indonesia. IAARD Press. Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian. Jakarta.

Iftekharuddaula, Khandakar Md, Ahmed, H. U., Ghosal, S., Moni, Z. R., Amin, A., & Ali, M. S. (2015). Development of New Submergence Tolerant Rice Variety for Bangladesh Using Marker-Assisted Backcrossing. Rice Science, 22(1), 16–26. https://doi.org/10.1016/j.rsci.2015.05.003

Irmawati. (2003). Perubahan Keragaman Genetik Ikan Kerapu Tikus Generasi Pertama Pada Stok Hatchery. Thesis. Bogor: IPB

Irmawati, H. Ehara, Rujito A. Suwignyo, and Jun-Ichi Sakagami. (2015). Swamp rice cultivation in South Sumatera, Indonesia: an Overview. Trop. Agr. Develop. 59(1):35-39.

Muladno. (2010). Teknologi Rekayasa Genetik Edisi Kedua. Bogor : IPB Press.

Sulaiman, F., R. A. Suwignyo., dan M. Hasmeda. (2014). Studi Peningkatan Ketahanan Bibit Padi Lebak terhadap Kondisi Cekaman Terendam melalui Perlakuan Zn dan Pemupukan N. Jurnal Lahan Suboptimal. 3(2): 145–51.

Susanto, Untung., Satoto, Nofi A Rohmah, dan Made Jana Mejaya. (2014). Similarity of 26 New Released Rice Varieties and Rice Parental Hybrids Based on 36 SSR Markers .Jurnal Penelitian Pertanian Tanaman Pangan 33(2):71-75

Suwignyo, R. A., A.Wijaya., dan H. Sihombing. (2012). Modifikasi Aplikasi Unsur Hara Untuk Perbaikan Vigorasi Bibit Padi Dalam Cekaman Terendam. Jurnal Lahan Suboptimal. 1(1): 1–11.

Suwignyo, R.A. (2016). Efforts and strategy to improve productivity of suboptimal land in Indonesia. ICCAE 5th Open Seminar in AY2016, December 13 2016. International Center for Research and Education in Agriculture (ICREA). Nagoya University, Nagoya Japan.

Simarmata M& Rustikawati. (2015). Identifikasi Genetik Kultivar Padi Gogo dengan Menggunakan Marka RAPD. Akta Agrosia, 18(2):1–10.

Hairmansis A & AswidinnoorH. (2005). Evaluasi Daya Pemulih Kesuburan Padi Lokal dari Kelompok Tropical Japonica, Jurnal Agronomi Indonesia 6(4):1–6.

Langga I.F, Restu M & Kuswinanti T. (2012). Optimalisasi Suhu dan Lama Inkubasi Dalam Ekstraksi DNA Tanaman Bitti (Vitex CofassusReinw) serta Analisis Keragaman Genetik. J Sains & Teknologi, 12(3):265–276.

Uslan & PharmawatiM. (2015). Optimasi Konsentrasi DNA dan MgCl2 pada Reaksi Polymerase Chain Reaction-Random Amplified Polymorphic DNA untuk Analisis Keragaman Genetik Tanaman Faloak (Sterculia quadrifida R.Br) (Optimization of DNA and MgCl2Concentrations in Polymerase Chain Reaction. Jurnal Bioslogos, 5(1):1639.




DOI: http://dx.doi.org/10.31851/sainmatika.v17i3.5805

Article Metrics

Abstract view : 1 times
PDF - 1 times

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Sainmatika: Jurnal Ilmiah Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam p-ISSN 1829-586X (print), e-ISSN 2581-0170 (online)

Sainmatika:
Fakultas Sains dan Teknologi Universitas PGRI Palembang
Jl. Ahmad Yani Lrg. Gotong Royong 9/10 Ulu Palembang 30251
e-mail: sainmatika@univpgri-palembang.ac.id

Creative Commons License
Sainmatika: Jurnal Ilmiah Matematika dan ilmu Pengetahuan Alam by https://jurnal.univpgri-palembang.ac.id/index.php/sainmatika/ is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.